Добрый вечер. Даже при отсутствии горящей лампы Check Engine, ошибки стоит почитать и диагностический прибор подсоединить. Помимо чтения ошибок, можно посмотреть работу цилиндров, параметры впрыска и зажигания, и по ним уже делать какие-то выводы. Насчёт звука, точно сказать сложно, но для начала необходимо всё-же как-то попытаться локализовать. Хотя бы примерную область. И как именно проявляется, при каких условиях, всегда, не всегда, на холодную или нет, связан с оборотами или нет. Также, проверьте систему зажигания по тщательнее, опять ту же катушку, в\в провода, свечи.
Москва, Mazda 3