Здравствуйте!
Перед установкой поршней нужно тщательно измерить блок и поршни, посчитать необходимый зазор и проверить его плоским щупом.
Скорее всего, мотор "гремит" именно из-за повышенного зазора между цилиндром и поршнем или в сопряжении с поршневым пальцем.
Выемки в поршне можно сделать фрезеровкой, но это снизит степень сжатия (как и уменьшение компрессионной высоты) и для компенсации этого придется фрезеровать ГБЦ, то есть опять повысите угрозу "сталинграда". Можно наплавить на поршень вытеснитель, который компенсирует объем выемки, но это уже не для домашней мастерской.
Подогнать степень сжатия при помощи микро-гравера в домашних условиях вполне реально.
Мытищи, LADA (ВАЗ) 2120