Здравствуйте!
Вода могла попасть и в КПП и в другие агрегаты. В любом случае необходимо поменять масло во всех агрегатах, а в топливный бак залить осушитель. Так же надо просушить всю электрику.
Если вода попала в остановленный двигатель и там пробыла недолго то это не страшно. Выкрутите свечи, проверните два-четыре полных оборота мотор, если вода из свечных отверстий не польется, закрутите свечи и попробуйте запустить мотор.
Если вода попала в работающий двигатель, последствия могут быть печальнее. Аналогично прошлому случаю прокрутите мотор пока вода перестанет брызгать из свечных отверстий. Если мотор стучит или звенит то его придется разбирать, если посторонних звуков нет, пробуйте запустить и прослушайте мотор на предмет посторонних звуков.
Имеет смысл не менять масло в агрегатах сразу, а сначала слить воду из картеров, прогреть и поменять масло с промывкой. Небольшое количество воды ухудшает свойства масла но работа без нагрузки на таком масле допускается.
Проверьте состояние пыльников шрусов, шаровых, рулевых наконечников и рейки и наличие воды в этих узлах. Возможно, в них так же надо добавить смазку.
Мытищи, LADA (ВАЗ) 2120