Добрый день, уважаемая!
Если Вы забыли отключить режим полного привода, то при достижении определенных условий (когда увеличивается скорость авто, перегреваются муфты полного привода), и т.д. - система отключается автоматически для предотвращения поломки.
Запах мог идти от двигателя, на который попала вода или грязь, вряд-ли это была коробка.
Эксплуатируйте авто в штатном режиме, и если будут проблемы по полному приводу, или посторонние индикации на приборке, тогда уже нужна диагностика.
Херсон, Skoda Octavia