Добрый день.
Возможно изношены шестерни первичного и вторичного валов. Попробуйте снять кардан и пошатайте вал, если сильно люфтит значит в нем дело.
Чтобы разобрать КПП, нужно слить с нее масло, снять приводные валы, открутить коробку от двигателя и аккуратно снять(лучше это делать в 2-3 человека). Затем нужно располовинить коробку и осмотреть какие детали изношены, в случае износа шестерней валов лучше обратится в спец центр, т.к. переборка кпп это трудоемко, и без опыта можно сделать чего нибудь не так.
Москва, Subaru Impreza