Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
В первую очередь, проверяйте ДМРВ, и датчик температуры охлаждающей жидкости. 
Не помешает и проверка давления топлива на прогретом автомобиле, то есть при нагреве насоса. 
В идеале проверки начать с компьютерной диагностики, чтоб было понятно с чего начинать, и какие есть отклонения.
                                    
                                                    Херсон,                                                                            Skoda                            Octavia