Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Коробку заменить - не масло слить, при ее перестановке задействовано куча электроники, блоков управления. Скорее всего что-то неправильно подключили, или не подключили вовсе.
Проверьте сканером ошибки, правильность работы систем, какие параметры будут выдавать датчики управления двигателем и коробкой передач.
После можно уже будет о чем-то говорить, о каких-то проверках, диагностиках и прочем.
Херсон, Skoda Octavia