Здравствуйте.
Если у вас не всегда включается система кондиционирования при дистанционном запуске двигателя, то вероятнее всего она была просто отключена до того как Вы заглушили двигатель. Если такой вариант исключен, то необходимо проверить провода подключения силового разъема сигнализации. Касательно сбоя настроек - этот вариант возможен если Ваш автомобиль оснащен системой "Staet-Stop".
Если система кондиционирования не всегда включается при обычном запуске двигателя, то для начала лучше провести компьютерную диагностику, так-как причин может быть достаточно много.
Россия, Subaru Legacy