Добрый день, уважаемый автовладелец!
Если по трансмиссии все проверено, никаких проблем с ней нет, и Вы уверены что эта вибрация идет с коробки, тогда проверяйте ее опоры, опоры двигателя и все что может передавать вибрацию на кузов.
Пробуйте вывесить авто на подъемник, и достигнув этой скорости проверить где и откуда будет эта вибрация, и уже дальше по ситуации все разбирать по месту.
Не стоит исключать гнутые диски, или дисбаланс резины из-за плохих шин и тд - то есть все вращающиеся детали.
Херсон, Skoda Octavia