Добрый вечер!
Если"воткнуть" передачу при несоответствии оборотов двигателя и требуемой передачи, то конечно будет некий щелчок.
Пробуйте включать передачи в соответствии с рекомендуемыми оборотами двигателя,и слушайте будет ли звук ударов.
Если будут эти звуки и далее, тогда уже осматривайте коробку, слушайте на яме и т.д.
Херсон, Skoda Octavia