Добрый день.
Если даже кратковременно загорается лампа check engine - это повод провести диагностику, т.к. в блоке управления есть данные об ошибках, которые помогут установить точную неисправность. По опыту могу отметить, что такие симптомы могут быть следствием пропусков зажигания в цилиндрах. Но т.к. высоковольтную часть уже поменяли, то остаются форсунки, дроссельная заслонка, ДМРВ и датчик холла на распредвалу. Так же возможно неправильный сигнал от лямбда зонда или датчика температуры ОЖ.
Москва, Audi A5