Здравствуйте.
Судя по тому, что уже много чего поменяли, остается проверить сетку на топливозаборнике в баке, возможно она очень сильна загрязнена. Так же возможно, что при нагреве некорректно работает датчик положения коленчатого вала, и это проявляется именно на горячем двигателе. Если есть возможность, нужно сделать компьютерную диагностику, возможно в ЭБУ зафиксированы ошибки и можно будет с большей уверенностью определить неисправность.
Москва, Audi A5