Здравствуйте, Уважаемый!
Стоит проверить кулису и троса, механизм включения передач, далее нужно проверить сцепление, далее проводить дефектовку самой коробки передач. Стоит еще попробовать прокачать сцепление. Шум пропадающий при выжиме педали сцепление, чаще всего из за подшипников первичного вала мкпп.
Балаково, Kia Ceed