Фазы точно не повлияют на температуру, точнее влияют на температуру, но только местную, например, выпускного коллектора или днища поршня. Но температура, считываемая с датчтка, заметно не изменится при ошибке в установки ГРМ. Проверьте для нашего понимания температуру нижнего патрубка радиатора после длительной работы вентилятора(как вы описали)- не ощутите ли значительного охлаждения по сравнению с верхним?