Добрый день уважаемый!
В первую очередь, нужно верить ошибкам которые фиксирует блок управления мотором.
То что не включаются передачи, в этом скорее всего виновен или селектор выбора - его механическая выработка, тросы переключения, механизм на коробке. Возможно, что и приборная панель "глючит" - все это нужно проверять.
Обратитесь в сервис, объясните проблему пусть разберутся с коробкой, после уже смотреть мотор.
Херсон, Skoda Octavia