Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Довольно сложно связать стук на холодную, и его пропадание при нажатии на педаль сцепления.
в таких случаях, проблемы будут по коробке, подшипникам первичного вала.
Если возникли ошибки, индикации "чек двигателя", то это значит что система управления обнаружила проблемы, и зажгла индикацию для водителя.
Начните с компьютерной диагностики, пусть мастер послушает авто, откуда идет шум, дальше что-то можно будет думать.
Херсон, Skoda Octavia