Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Уточните, пожалуйста, откуда именно исходит данный щелчок?
Если из подкапотного пространства, тогда слушать по месту, с открытым капотом, если в салоне, тогда осматривать педальный блок.
Плохой запуск мотора на горячую может быть вызван как проблемами с системой зажигания(сечи, катушки), так и забитыми форсунками, дросселем.
Проведите ревизию систем питания и зажигания авто.
Херсон, Skoda Octavia