Здравствуйте!
"мозги" АКПП и ДВС постоянно "общаются" поэтому они взаимосвязаны. Если есть какие-то ошибки, их коды надо считать и разбираться в причинах. Если ошибки не возникают, скорее всего в ЭБУ ДВС "зашиты" неправильные карты топливоподачи.
Мытищи, LADA (ВАЗ) 2120