Добрый день, уважаемый автовладелец!
Если Вы уверены во всех элементах подвески, а остался только опорник - то смените его, и уж будете знать что это все поменяно. даже если шум не уйдет.
А так, судя по описанию, глухой стук может быть из-за изношенных втулок стабилизатора, или же какой-то части с резинометалликой - то есть даже любой сайлентблок.
Замените опоры, подшипники.
Если проблема не уйдет - тогда уже смотреть подвеску двигателя, кузовные детали.
Херсон, Skoda Octavia