Здравствуйте, в первую очередь нужно проверить уровень масла в КПП, долить, если ниже нормы. Но чаще всего хруст говорит об износе синхронизаторов коробки или неисправности кулисы, тяг. В этом случае нужно разбирать узел и проводить дефектовку. Еще стоит проверить состояние сцепления (диск, корзина, выжимной), но это все равно снимать коробку.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108