Здравствуйте, да, Вам правильно сказали, нужно сбросить предыдущие настройки ЭБУ и провести заново адаптацию на новой коробке при помощи оригинального диагностического оборудования и программ. Также заодно желательно почитать сканером коды ошибок, если будут. Поэтому обратитесь на профильную СТО по японским авто. Либо к дилеру
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108