Здравствуйте, да, после такого ремонта стоит попробовать перепрошить "мозги" коробки. Но кроме этого стоит подключить Стар, почитать ошибки, может соленоиды неисправны или дело в плохом контакте или проводке. По механике трудно сказать, возможен износ фрикционов, тут нужна дефектовка, но это должен был сделать грамотный мастер, которому доверили ремонт.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108