Здравствуйте.
Скорее всего причина в подшипниках первичного вала МКПП. При выжатом сцеплении вал не вращается - шума нет. Агрегат нужно снимать и менять изношенные детали.  
К подшипникам произведенных в настоящее время на российских предприятиях очень часто много претензий по качеству, поэтому могу порекомендовать  при ремонте использовать иностранные аналоги от фирм SKF или KOYO:
Подшипники задние первичного и вторичного валов:
артикул 6305N 25x62x17
Передние подшипники для КПП:
первичный вал: артикул NJ205 25x52x15
вторичный(промежуточный) артикул NJ305 25x62x17
коробка дифференциала(опора правая и левая) артикул 30207
Самые лучшие предложения по запчастям можете найти здесь:
http://www.zzap.ru 
                                    
                                                    Санкт-Петербург,                                                                            Hyundai                            Getz