Добрый день, уважаемый автовладелец!
Вода в багажнике как правило появляется через гофру проводки на заднюю дверь(кузов универсал), задние фонари.
бывали случаи микротрещин по кузову, в местах точечной сварки.
Могут быть проблемы по уплотнителям дверей.
В данном случае, проливайте автомобиль водой, и следите за местом течи.
Можно снять обшивку арок, багажника для более точного поиска.
Херсон, Skoda Octavia