Здравствуйте!
Наиболее вероятная причина - несоосность валов КПП и РК. При ослаблении подушки КПП такое как раз бывает. Так же причина может быть в промвале.
Проверьте подушки коробок, отрегулируйте положение РК по высоте и отрегулируйте положение РК любым доступным способом:
На земле движением вперед-назад
На подъемнике перемещением РК
Мытищи, LADA (ВАЗ) 2120