Добрый день!
Сейчас сложно сказать, что могло произойти с контроллером, при таких манипуляциях. 
Восстановите всю проводку, естественно сняв клемму с АКБ. 
После, подключите питание, можете снова отключить, для перезагрузки системы. 
Если нет дополнительных блокировок(иммобилайзер, сигнализация и т.д.) тогда только прозвон проводки от форсунок к блоку управления, подключения оригинального сканера, и диагностика систем в тестовом режиме чтобы хоть что-то стало ясно, и куда копать далее.
                                    
                                                    Херсон,                                                                            Skoda                            Octavia