Добрый день!
Сейчас сложно сказать, что могло произойти с контроллером, при таких манипуляциях.
Восстановите всю проводку, естественно сняв клемму с АКБ.
После, подключите питание, можете снова отключить, для перезагрузки системы.
Если нет дополнительных блокировок(иммобилайзер, сигнализация и т.д.) тогда только прозвон проводки от форсунок к блоку управления, подключения оригинального сканера, и диагностика систем в тестовом режиме чтобы хоть что-то стало ясно, и куда копать далее.
Херсон, Skoda Octavia