Здравствуйте, такая ситуация есть на большинстве автомобилей с кузовом типа универсал. Если у Вас багажник закрывается с большим усилием, то стоит обратиться к ОД для регулировки замка. А силикон куда наносили? Попробуйте на шток газового амортизатора, но немного, только пару сантиметров ближе к задней двери. Еще плохо закрываться может, если резинки новые, при закрытии образуется вакуум, попробуйте закрывать при открытой двери или окнах.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108