Добрый день!
А какая коробка передач ?
Если автоматическая коробка, то нужно менять масло, обыкновенно смена масла, позднее чем через 45 000 км, дает такие симптомы.
Если коробка механическая, и дергания идут на одной из передач( вы пожалуйста уточните тогда на какой), потребуется снятие коробки, и проверка первичного и вторичного вала.
Если у Вас роботоризированная коробка передач, а она ставится в Honda Civic 5D, то диск сцепления, может получил фактический эксплутационный износ, и потребуется для начала диагностика с программой HONDA HDS, а затем, решение, замена сцепления, либо каких-либо других деталей КПП.
Москва