Добрый день, Уважаемый. Ответ на Ваш вопрос в принципе написан в заголовке. Гудит скорее всего сама коробка, а точнее подшипники первичного вала. Но при дефектовке, как правило меняют все подшипники, чтобы уж наверняка. Чтобы убедиться, что звук именно от коробки, послушайте снизу стетоскопом. Иногда звук передаётся от выжимного подшипника. Ну и если будете снимать КПП для ремонта, обратите внимание на износ сцепления. Возможно, его также следует заменить, заодно и вместе с выжимным. Но к слову стоит заметить, на фьюженах коробки подвывают относительно часто, и люди ездят с этим довольно долго и не обращают внимание. Так что если гул не сильный, какое-то время его можно игнорировать.
Mazda 3