Здравствуйте, а какой цилиндр ставили? Лучше ставить оригинальное, бывает, что неоригинальная деталь работает некорректно или попадается брак. Также рекомендовал бы поменять полностью тормозную жидкость и еще раз прокачать систему. Возможно главный цилиндр неисправен, либо плохо прокачали, либо где-то нарушена герметичность и система хватает воздух.
                                    
                                                    Балаково,                                                                            LADA (ВАЗ)                            2108