Здравствуйте. У Вас стук со стороны колес или в самой коробке? На рычаг переключения отдается? Возможно, проблема в сцеплении, неправильно установили или комплект попался бракованный. Проверьте еще уровень масла в МКПП, регулировку привода переключения, кулисы, соединения и крепления в районе КПП. Проверьте подушки двигателя.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108