Добрый день, уважаемый автовладелец!
Скорее всего, замена сцепления, и хруст в коробке не связаны между собой.
Проверьте нет ли преднатяга сцепления, то есть полностью ли оно выжимается, и отключает двигатель от трансмиссии.
Если преднатяга нет, тогда уже задумайтесь о ремонте коробки.
В случае возникновения проблем со сцеплением, снимайте и осматривайте его.
Херсон, Skoda Octavia