Ford IDS при подключении к автомобилю, а также к серверу Форда, показывает, существует ли на данный момент новые актуальные версии прошивок для различных блоков. Поскольку программирование и установка проводилась нештатно, кривым сканером и не надлежащим образом, то могут быть различные сбои и неполадки. В данном конкретном случае - возникшие ошибки. И варианта тут два - либо продолжать всё делать самостоятельно и смириться с возможными "косяками", либо откатить всё к заводским параметрам и самостоятельно, сканером гаражного типа, к автомобилю больше не подключаться. Решать конечно только вам.
Mazda 3