Такая проблема практически у всех владельцев Шнивы, это дает общее количество люфтов в коробке и на валу. 
От этого никуда не деться (по крайне мере пока машина на гарантии). После можно перебрать коробку и попытаться убрать люфты. Еще как вариант, если слегка нажимать газ до отпускания педали сцепления, то стуков можно избежать
                                    
                                                    Балаково,                                                                            LADA (ВАЗ)                            2108