Здравствуйте, вода в багажник может попадать через уплотнитель по периметру. Проверьте его, не деформирован ли он, может содрали, когда доставали запаску. Еще есть прямоугольной формы резинка с проводом на задней правой арке, надо ее вдавить внутрь салона, потом заново "нормально" установить и промазать сверху герметиком.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108