Добрый день, уважаемый автовладелец!
Если сам вентилятор рабочий, то есть срабатывает от отключения датчика температуры(аварийный режим), тогда дело скорее всего с блоке управления, который не видит ни включения кондиционера, ни показаний от датчика температуры, либо не выдает команды на включения.
Начните с диагностики.
Херсон, Skoda Octavia