Не должна была замена так отразиться. И это легко проверить. Если новая магнитола сбивает сигналы по CAN, то достаточно её отключить, чтобы связь восстановилась. Временно отключите её и проверьте связь с контроллером без магнитолы. Всяки чудеса случаются.