Добрый вечер. 
Мое мнение - однозначно менять масло, так как при сборке коробки проследить за чистотой рабочего места довольно сложно, и после подгонки деталей при работе, в любом случае возникает притирка фрикционных поверхностей, которые сопровождаются выбросом в масло продуктов износа. 
Как правило, эта 1000 км пробега выступает в роли обкатки, и после чего нужно дать АКПП возможность работать в штатном режиме, на новом масле. 
Если Вас не устраивает стоимость замены в Вашем центре, и это не является обязательной нормой, то можете воспользоваться услугами ребят из списка автосервисов города Москва: 
https://blamper.ru/auto/autoservices/moscow/ 
                                    
                                                    Херсон,                                                                            Skoda                            Octavia