Все переключения должны быть плавными без стуков и рывков, то что обороты разные при переключений на холодном и прогретом двигателе объясняется еще тем, что температура масла в коробке тоже меняется и не одновременно с температурой масла в двигателе. С изменением температуры меняются свойства масел, так же все зависит от режима езды, если вы хотите резко ускоряться переключения будут более поздние на более высоких передачах. Если передачи плавно и исправно переключаются, не думаю что с Вашей коробкой какие-то проблемы.
Германия, Ford Focus