Здравствуйте, да, вмешательство в систему ДВС могло косвенно повлиять на АКПП, попробуйте провести такую адаптацию:
1. Включить зажигание, но двигатель не заводить.
2. Нажать педаль газа до упора и подержать так не менее 5 сек.
3. Выключить зажигание, достать ключ и отпустить педаль.
Если не поможет, то нужно провести ее у дилера оригинальным прибором.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108