Здравствуйте.
Если проблем с ходовкой нет, тогда еще раз осмотрите все навесное оборудование, защиты картера, днища.
На счет привода коробки, то он не играет существенной роли при возникновении стуков - если передачи переключаются нормально, то дело не в нем.
Для более точной диагностики нужно проходя неровности, прослушивать этот звук, помощнику, который будет идти рядом, или раскачивать авто с ямы - то есть во время ходовых испытаний никак иначе.
Херсон, Skoda Octavia