Добрый вечер.
В любом случае, при замене двигателя снималась и коробка, вот и ищите проблему в сборке агрегатов, так как если до ремонта все было нормально, скорее всего виновата неправильная сборка коробки, в частности навесного оборудования(тяг, приводов и т.д.)
Херсон, Skoda Octavia