На прогретой машине, особенно после длительной поездки, в мкпп 5 при выжатом сцеплении звук пропадает. Пробег около 35000. Тарахтит на холостых. Полагаю блок подшипников первичного и второго валов. Какой их ресурс? С какими трудностями можно столкнуться на трассе?
Если стук не прогрессирует, то волноваться рано. Разрушение подшипников должно ещё и гул добавить. С подобным стуком без гула и прогресса интенсивности кпп может проходить ещё очень долго. Это не редкость, к сожалению.