Здравствуйте! Если вы ездили в дождь ныряли в большие лужи это ситуация закономерна. Подождите до того как машина просохнет и проблема должна уйти.
Проверьте как автомобиль переключает передачи, в частности проверьте на всех режимах и особенно заднюю скорость. Если никакого странного поведения вы не заметили значит всё в норме.
Далее не плохо было бы прочитать ошибки коробки передач в сервисе. Тогда по ошибкам(если они есть) можно будет определить неполадку.
Так же, частой проблемой на подобных автомобилях является загрязнение ингибитора. Его необходимо снять почистить от грязи и смазать. Сам он находится с боковой стороны от коробки передач, и демонтируется путём откручивания 2х болтов, и отсоединения контактной группы. Фото прилагаю.
Москва, Kia Spectra