Добрый день, уважаемый автовладелец!
Скорее всего проблема в шестернях первой передачи, которые гудят при работе, так как если бы был подшипник, первичного вала, то коробка гудела бы постоянно.
Пробуйте сменить масло, проветрить его состояние, раздатку, задний мост - все трансмиссионные масла.
Частично проблема может уйти. Если ничего не изменится, тогда загонять авто на подъемник, слушать трансмиссию, по месту и уже далее принимать решения о ремонте.
Херсон, Skoda Octavia