Здравствуйте, Уважаемый!
Может быть это конечно и совпадение, но стоит все же попробовать проверить уровень масла в кпп, попробовать залить масло другого производителя (GL-4, 75W-90, 2,5 литра), так же проблема может быть например в синхронизаторах мкпп, еще стоит проверить саму кулису, ее троса, механизм выбора передач.
Балаково, Kia Ceed