Вам нужно проводить диагностику системы охлаждения. Начинать прогрев с холодного пуска, следить за постепенным ростом температуры, открытием термостата, нагревом шлангов печки и радиатора - и всё это при подключенном сканере, чтобы видеть показания температуры у ЭБУ мотора. Тогда вы сможете понять, есть ли нелогичность измерения температуры или включение вентилятора происходит вообще не пл команде ЭБУ.