Добрый день, уважаемый автовладелец!
Сложно удаленно сказать почему так ведет себя мотор не имея никаких данных о нем, предыстории.
Если говорить о механической части, то может "зажимать " клапана при неправильной их регулировке(в случае если недавно были ремонты).
Далее, про электрике, проверяйте датчик температуры, работу дросселя, вспомогательные системы(вентиляции картера, ЕГР), давление топлива именно при прогреве мотора и соответственно нагреве насоса.
Херсон, Skoda Octavia