Здравствуйте, а масло в КПП проверяли? Мне кажется, что если его не меняли, то стоит заменить, стук может возникать при недостаточно смазке. Кроме того, проблема может быть и в сцеплении. Ну и банально стучать может защита, если ослабли крепления или она, например, деформирована немного, ДВС может постукивать об нее.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108