Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
очень сложно сказать, почему не заводится авто после капительного ремонта мотора.
Сейчас лучше начать с визуального осмотра двигателя, просмотреть что могли не подключить, не установить и так далее.
После, уже подключать сканер, и смотреть какие системы не работают, какие блоки не отвечают, проверять связь между ними и т.д.
Херсон, Skoda Octavia